Bom, acredito que grande parte dos fãs já tenham a resposta dessa pergunta: Ezio.
Mas eu discordo. Acho que, claro, todo mundo pode ter suas preferências e etc, mas acho que é um pouco de "viuvice" de muita gente achar isso. Bom, primeiro porque tivemos três jogos (mais o de portátil) pro Ezio, e segundo porque até ali o Credo realmente importava na concepção do jogo.
Estava pensando nisso e percebi como as motivações dos assassinos vão mudando conforme o jogo passa. Em um primeiro momento, Altair tem a motivação única e pura de se provar um bom soldado para o Credo. Depois, Ezio em um primeiro momento é movido por razões egoístas, de vingança, em Assassin's Creed II, e posteriormente sim, vemos um personagem preocupado com o Credo, recrutando mais pessoas, se tornando o Master Assassin que conhecemos.
E aí chegou Connor e inverteu tudo. Connor não está nem aí para o Credo. Ele luta por sua tribo (e por último pela América livre), usando o Credo apenas para aprender a lutar e a se virar fora da floresta. Sei que muita gente simplesmente odeia o Connor, mas acho ele um personagem importante, e de caráter muito forte na série. Ele caga pro Credo, mas com um bom motivo: sua causa é mais universal, vai muito além de lutar contra templários, é uma questão mais humanitária, de defesa de pessoas (sua tribo) em si. Se a luta fosse contra robôs gigantes, pouca diferença faria a Connor.
Edward, por outro lado, tem uma história que deixa o Credo em um terceiro, quarto plano. Ele não está nem aí. Parece um pirata que só quer lucrar mesmo, e mais uma vez usa o Credo para isso, talvez um pouco de compensação moral por suas ações. No entanto, sua história é a mais íntima e dramática da série. É uma história lindíssima sobre perda e luto conforme vai se ampliando... é o personagem mais emocional e humano de todos. Mas não luta por causa nenhuma, apenas por si mesmo, até o final mais ou menos.
No final das contas, todos têm a sua importância, claro, mas acredito que a mensagem final que Assassin's Creed vai acabar passando vai além do clã, da luta contra os templários... é a luta a favor da humanidade, universal, e a favor do povo. Não falei aqui de Aveline, porque acho que o jogo dela não faz jus à personagem, o que é uma pena.
Bom, meu favorito é o Connor. Sinceramente, acho ele o que teve a melhor causa, a mais humana, e esteve no período histórico mais importante até agora. Mesmo a galera odiando ele pra cacete, por algum motivo bobo ou de sincera viuvice para com o Ezio, ele é o mais forte, e é muito, mas muito humano, e a mistura selvagem de indígena com o lado do homem da civilização ocidental que o Credo o confere forma uma combinação muito explosiva.
Acredito que Unity ampliará a defesa do universalismo... afinal de contas, o que é mais universal do que "Liberdade, Igualdade e Fraternidade"?